Na drugim roku studiów Szczotka trafia na seminarium z historii kultury polskiej, prowadzone przez profesora Stanisława Kota, pod którego kierunkiem napisze pracę magisterską ? studium o synodach arian polskich. Publikacja ta, po niewielkiej korekcie, zostaje przyjęta później jako doktorska. Stanisław Szczotka ma wówczas 24 lata i obejmuje asystenturę na Uniwersytecie Jagiellońskim. Okres przedwojenny, w tym lata od ukończenia uniwersytetu (1934) do objęcia stanowiska asystenta UJ (1 września 1937), był zapełniony autorskimi badaniami historycznymi i działalnością polityczną w Stronnictwie Ludowym, w którego szeregach niejednokrotnie pełnił funkcje kuriera do przebywającego na emigracji Wincentego Witosa. Współpraca z ludowcami obejmowała także akcje odczytowe, kursy dla członków partii, organizację pomocy dla więźniów politycznych, udział w wiecach i formowaniu strajków chłopskich oraz wydawnictwa polityczne na łamach organu Stronnictwa ? Piasta.

W tym samym czasie dla Stanisława Szczotki rozpoczął się bardzo intensywny okres działalności pisarskiej i precyzowania zainteresowań badawczych. To wtedy jego uwaga zaczyna się koncentrować na regionie żywieckim, przy jednoczesnym zgłębianiu dziejów wsi i chłopów w Polsce w ogóle. Efektem naukowych upodobań Szczotki był, między innymi, aktywny udział w działalności Koła Towarzystwa Szkoły Ludowej im. Adama Asnyka w Żywcu i utworzonej przy nim Sekcji Miłośników Żywiecczyzny.

Sprzyjające okoliczności regionalnym badaniom historycznym tworzy fakt istnienia relatywnie dużego zbioru archiwaliów dotyczących tego regionu. W ten sposób, przy kardynalnym udziale Stanisława Szczotki (był jednym z założycieli) w Żywcu powstaje jedno z pierwszych w przedwojennej Polsce regionalne pismo ? kwartalnik ?Gronie?, które do dzisiaj uważane jest za jedno z ważniejszych, także pod względem merytorycznym, dla ówczesnej regionalistyki.

Szczotka był sercem tego pisma. Osobiście zbierał lokalne przekazy w każdej formie, nierzadko użyczając później innym piszącym do ?Groni?, aplikował tematykę opracowań, pozyskiwał współpracowników, udostępniał własne materiały i równocześnie wciąż poszerzał zakres własnych prac. To właśnie w ?Groniach? ukazały się jego Stacje wojskowe w Żywiecczyźnie w latach 1661-1661, Akta spraw złoczyńców miasta Żywca (1589-1782), Klucz Węgierskiej Górki w 1712 roku czy wreszcie praca o charakterze etnograficznym Szopka Żywiecka. Przy okazji tej ostatniej publikacji okazał się Szczotka nie tylko dobrym historykiem-regionalistą, ale i etnografem. Sam zawsze podkreślał, że nie uważa się za etnografa, gdyż brak mu profesjonalnego przygotowania. Tym niemniej wkraczał w tę dziedzinę chociażby z racji swego naukowego zainteresowania regionem, który odznaczał się wyjątkowo ciekawym etnograficznym kolorytem.

?Gronie? pod redakcją Stanisława Szczotki i Michała Jeziorskiego aspirowały do miana wzorcowego czasopisma regionalnego. Profesor chciał, aby tematyka pisma łączyła określoną teraźniejszość z analizą przeszłości regionu, aby zapis bieżących aspektów regionu w wymiarze ogólnym łączyć z precyzyjnymi badaniami wsi, miast, rolnictwa, przemysłu, życia kulturalnego i politycznego lokalnych struktur. Tym bardziej, że ?Gronie? skupiały czy wręcz organizowały życie kulturalne Żywiecczyzny, formując i inspirując do twórczej pracy współpracowników, patronując działalności artystyczno-literackiej ludzi z tego regionu. Na łamach przedwojennych ?Groni? ukazało się sporo prac o charakterze przyczynkarskim z wielu dziedzin, na przykład historii kultury, etnografii, archeologii, geografii gospodarczej i historycznej, szeroko pojętej historii itd. Niewątpliwym osiągnięciem Szczotki jako redaktora ?Groni? jest utrzymanie wysokiego poziomu merytorycznego i intelektualnego pisma przy jednoczesnej otwartości na współpracowników, będących często pasjonatami-amatorami.

Przedwojenna działalność naukowa Szczotki nie ograniczała się tylko do artykułów w ?Groniach?. We Lwowie upublicznił wstępne wyniki badań nad jednym z pierwszych ważniejszych powstań chłopów polskich pod przewodnictwem Kostki Napieralskiego. Na kartach ?Sprawozdań PAU? opublikował interdyscyplinarny (z pogranicza historii i etnografii) materiał Wędrowni handlarze olejków lekarskich w dawnej Polsce. Spośród prac pochodzących z tego okresu na uwagę zasługują również dwa opracowania naukowe dotyczące kulturowego przenikania się sąsiadujących ze sobą narodów: Stosunki Śląska z Żywiecczyzną od XVI wieku do upadku Rzeczypospolitej oraz Z dziejów stosunków polsko-morawskich. To prace o pograniczu. W tym czasie powstaje również praca, stanowiąca podstawę (została uzupełniona i rozszerzona o nowe materiały) jego późniejszej habilitacji na Uniwersytecie Jagiellońskim w 1946 r., a dotycząca historii chłopów polskich pt. Udział chłopów w walce z potopem szwedzkim.

W Żywcu poza redagowaniem ?Groni? Szczotka edytował interesujący rękopis z początku XVIII w. o dziejach tego miasta i całej Żywiecczyzny. Dzięki profesorowi (został przez niego opracowany do druku), Dziejopis żywiecki autorstwa wójta miasta Żywca Andrzeja Komonieckiego został wydany (pierwszy tom) nakładem Sekcji Miłośników Żywiecczyzny w 1937 r. Drugi tom, gotowy do powielenia, został zniszczony przez hitlerowców.

Sam Szczotka po wybuchu wojny podzielił los wielu pracowników naukowych Uniwersytetu Jagiellońskiego. Aresztowany w spektakularnej akcji Gestapo Sonderaktion Krakau trafił do obozu koncentracyjnego ? najpierw w Dachau, potem w Sachsenhausen. Po szczęśliwym powrocie z obozu pod koniec 1940 r. wyjechał z Krakowa i wraz z rodziną mieszkał w powiecie stopnickim na Kielecczyźnie. Tam czynnie działał udział w Batalionach Chłopskich w oddziałach Rocha. Podczas walk o przyczółek baranowski został ponownie aresztowany przez hitlerowców. Po ucieczce z transportu do obozu, od połowy 1944 r. ukrywał się w Krakowie, uczestnicząc równocześnie w prowadzonej przez pracowników Uniwersytetu Jagiellońskiego akcji tajnego nauczania.

Po wznowieniu pracy na Uniwersytecie Jagiellońskim 1 stycznia 1946 r. zostaje docentem uniwersytetu. 1 września 1946 r. obejmuje Katedrę Historii i Socjologii Wsi na Uniwersytecie Poznańskim jako profesor nadzwyczajny. W 1952 r. wkrótce po przeniesieniu na Wydział Filozoficzno-Historyczny zostaje jego dziekanem. Od 1954 r. zajmuje także stanowisko kierownika Pracowni Historycznej Rolnictwa i Hodowli w Polsce przy Instytucie Historii Kultury Materialnej Polskiej Akademii Nauk.

Nabierająca tempa kariera naukowa i zawodowa nie stanowiła przeszkody, aby do momentu rozwiązania Polskiego Stronnictwa Ludowego w 1949 r., Stanisław Szczotka pozostawał jego aktywnym członkiem (niejednokrotnie represjonowanym).

Działalność naukowa profesora Szczotki w tym okresie rozwijała się wszechstronnie. Wyraźnie dominują jednak badania nad historią chłopów i losami ich walki. Praca o powstaniu Kostki Napieralskiego do dziś dnia uznawana jest za jedną z najlepszych na ten temat. Istotne miejsce w jego twórczości do końca zajmował region żywiecki. Ze względu na wartość merytoryczną na pierwszy plan wysuwają się Studia z dziejów prawa wołowskiego w Polsce, w których ? do podejmowanej już przez licznych badaczy problematyki osadnictwa wołowskiego w Karpatach ? Szczotka dodał zupełnie nieznane fakty, oraz kardynalna pozycja w jego bibliografii, jaką stanowią Materiały do dziejów zbójnictwa góralskiego, zwłaszcza w kontekście nowatorskiego podejścia do zagadnienia.

Dzięki jego inicjatywie powstała, w ramach wydawnictw Ludowej Spółdzielni Wydawniczej w Warszawie, odrębna biblioteka historyczna, w której opublikowano kilkanaście pozycji autorstwa jego, jego uczniów i kolegów. Intensywnie partycypował także w działalności Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego.

Jednym z ostatnich przedsięwzięć intelektualnych, jakie Szczotka zdążył ukończyć, przed swą tragiczną śmiercią, były zredagowane przez niego Pamiętniki o sprawie chłopskiej w 1863 roku Franciszka Biłgorajskiego opowiadające o Powstaniu Styczniowym z perspektywy chłopa polskiego. To, co robił Szczotka, socjologowie nazywają badaniem wedle współczynnika humanistycznego, czyli wypracowaną metodą biograficzną na gruncie socjologii. Ma ona bogatą historię, szczególnie w socjologii polskiej, nazywana bywa także polską metodą. Polega, oględnie mówiąc, na wsłuchaniu się badacza w mikronarrację bohatera, autora, na przykład dziennika, pamiętnika, listów etc., gdyż to w pojedynczym człowieku splatają się różnorodne formy i wzorce kulturowe, jest on ich wypadkową.

Wszechstronność intelektu, rozległa, interdyscyplinarna wiedza w połączeniu z otwartością umysłu i talentem organizacyjnym ? to wszystko sprawiało, ze profesor Szczotka w sposób naturalny zjednywał sobie ludzi, a niemal każde przedsięwzięcie, jakiego się podejmował, kończyło się sukcesem.

Niestety, dynamicznie rozwijająca się kariera naukowa profesora Stanisława Szczotki została przerwana 11 sierpnia 1954 r. przez jego nagłą śmierć, w nie do końca wyjaśnionych okolicznościach. Jak mówi oficjalna wersja, wypadł z pociągu pod Kępnem; prokuratura umorzyła śledztwo. Istnieją jednak pogłoski, że pomógł mu w tym ktoś z Urzędu Bezpieczeństwa, który go ponoć inwigilował. Stanisław Szczotka został pochowany 16 sierpnia w Poznaniu na Cmentarzu Górczyńskim.